Perteneció a la Hermandad de Ganboa, figura ya en el documento de la Reja de San Millán, pagando en el siglo XI, junto con Moio (poblado desaparecido) tres rejas de hierro cada año al monasterio riojano. Parece ser que era un pueblo rico a juzgar por su aportación a la guerra de tarifa de 800 maravedies, cantidad muy superior a la media de las aportada por los pueblos alaveses.

En Nanclares confluían importantes caminos desde el medievo, estaba en comunicación directa con Arroiabe, Landa quedaba al otro lado del río Zadorra; también llegaba a Nanclares el camino que llegaba desde Vitoria y alcanzaba Ullibarri Arrázua que se denominaba "el camino del lado derecho de Vitoria a Salinas" refiriéndose a la derecha del Camino Real que pasaba por Ullibarri-Ganboa y que era el eje principal y referencial geográficamente de la zona. 

En 1556 cuando el licenciado Martín Gil visitaba la iglesia de Nanclares, la de San Esteban servida entonces por cinco beneficiarios de ración entera, que en comparación con las iglesias próximas es bastante superior. También aludía en su visita al hospital de Nanclares.

Nanclares era tierra de escribanos, es de destacar Andrés Beltrán de Nanclares, procurador y juntero, mas tarde aparece Juan Beltrán de Guevara tambien escribano y juntero que figura en numerosas actas de las Juntas de Provincia a partir de 1581.

También fue tierra de ensambladores y canteros, en el siglo XVI y XVII figuran en los protocolos de los escribanos varias generaciones de canteros como Francisco Perez de Lazcano, Juan Fernández de Quixón, Hernando Diaz de Nanclares y Martín de Mendiola. 

La parroquia de San Esteban junto con parte del poblado han quedado fuera de las aguas que inundaron todo el valle de Ganboa por encontrarse en la parte más elevada. La iglesia hoy fuera de culto es de propiedad particular. Se trata de un edificio de mampostería, de buenas dimensiones con cabecera recta que fue construida entre el siglo XVI y XVII sobre un edificio anterior románico como así nos demuestran unos ventanales y dos capiteles de una ventana tapada que Gerardo López de Guereñu fotografió en un libro que publicó en 1962. Y que el museo Diocesano tambien lo evidencia mostrándonos un ventanal románico con cuatro fustes totalmente trabajados con motivos de cesteria con las basas de garras y unos capiteles que se decoras con vegetación y volutas en lo alto; En el capitel interior se obseva un jinete con lanza, escudo y dos personajes a su lado. El capitel de la izquierda lleva una carátula con filamentos salientes de sus boca.

El campanario es muy esbelto dominando todo el caudal de agua que se concentra en el valle, es cuadrado con una cubierta de tejado a cuatro aguas, el cuerpo de campanas tiene dobles arcos excepto en la fachada norte con un solo arco de mayores dimensiones. Se construiría con posterioridad a la ampliación del templo medieval que se produjo en el XVI.

El licenciado Martín Gil, Visitador del Obispo de Calahorra en 1556, registraba en Nanclares cuatro ermitas hoy ya desaparecidas: Santa Cruz, San Juan de Arguillana, San Sebastián de Armilla y San Martín de Moio y dos cofradías la de San Sebastián y la de San Martín.

Como hemos dicho anteriormente Nanclares de Ganboa perteneció primero a la Hermandad y posteriormente al Ayuntamiento de Ganboa, este Ayuntamiento fue disuelto por el Gobernador Civil de la Provincia el 9 de Abril de 1958 y siguiendo con el proceso el 10 de Mayo del mismo año se acuerda que el territorio del municipio de Ganboa sea fragmentado y se incorpora Nanclares de Ganboa junto a Mendizábal al Ayuntamiento de Arrazua-Ubarrundia.